- دبیرخانه
دبیرخانه اتحادیه برای هماهنگ‌سازی برنامه‌ها و طرح‌ها به‌صورت گردشی با رأی اعضا برای دو سال در یکی از دانشگاه‌های عضو استقرار می‌یابد. انتخاب مجدد برای دوره‌های پیاپی بلامانع است.
تبصره: پیوستن عضو جدید با رأی اکثریت اعضا و براساس ظرفیت و توانمندی‌ها و شرایط دانشگاه متقاضی امکان‌پذیر است.
- شورای راهبردی
شورای راهبردی متشکل از نمایندۀ اعضا در امور بین‌الملل است که سیاست‌های کلی و راهکارهای همکاری و برنامه‌ریزی اجرایی را تدوین می‌کند و بر عملکرد دبیرخانه نظارت دارد.
- کارگروه تخصصی
بنا به مأموریت‌های ویژه کارگروه‌های مطالعاتی و اجرایی برای پیشبرد اهداف گروه تشکیل می‌شود.